#!/bin/bash
# batch_blast.sh
# 用法: ./batch_blast.sh query_dir blast_db output_dir
if [ "$#" -ne 3 ]; then
	echo"用法: $0 query_dir blast_db output_dir"
	exit 1
fi

QUERY_DIR=$1
BLAST_DB=$2
OUTPUT_DIR=$3
mkdir -p "$OUTPUT_DIR"

for query in"$QUERY_DIR"/*.fasta; do
	base=$(basename "$query" .fasta)
	echo"Running BLAST for $query ..."
	blastn -query "$query" -db "$BLAST_DB" -out "${OUTPUT_DIR}/${base}_blast.out" -outfmt 6
done

echo"所有 BLAST 搜索完成！"